In der Regel zielt die Behandlung darauf ab, Komplikationen zu begrenzen.
Erstes Behandlungsziel ist nicht notwendigerweise die Wiederherstellung des normalen Herzrhythmus, sondern Komplikationen (vor allem den Schlaganfall) zu vermeiden. Aus diesem Grund beurteilt der Arzt zuerst die Komplikationsrisiken und setzt häufig blutverdünnende Arzneimittel ein , damit sich keine Blutgerinnsel bilden.
Die Kontrolle der Herzfrequenz ist nicht vorrangig und kommt nur dann infrage, wenn sie den Patienten belastet oder wenn das Risiko einer Herzdekompensation besteht.
Der Arzt verordnet Rhythmusmedikamente (auch Antiarrhythmika), die dazu beitragen, das Vorhofflimmern zu beenden und danach das Wiederauftreten der Rhythmusstörung zu verhindern.
Es kann auch eine externe elektrische Kardioversion (unter „kleiner Narkose“ – auch Sedierung) durchgeführt werden.
Heute ist es auch möglich, eine Katheterablation durchzuführen. Dabei wird Gewebe, das falsche elektrische Impulse im Herzen weiterleitet und dadurch das Vorhofflimmern verursacht, gezielt mit Wärme verödet und ausgeschaltet. Über einen kleinen Schnitt, meist in der Leistengegend, führt der Kardiologe über die Leistenvene einen Katheter in den linken Vorhof ein und vernarbt dort einen Teil des Gewebes, so dass es anschließend keine elektrischen Reize mehr weiterleiten kann. Betroffene, bei denen ein zu langsamer Herzschlag auftritt, müssen manchmal mit einer Herzschrittmacher-Implantation therapiert werden.